Desde 1985, en su intervención en el terremoto de la ciudad de México, Médicos Sin Fronteras ha asistido a los mexicanos de manera intermitente en desastres naturales: en 1999, tras un sismo de 7.4 grados que afectó las costas de Oaxaca, asistió con consultas médicas a 3 municipios; auxilió a los damnificados por los huracanes Mitch, Pauline e Isidore y, en 2007, brindó asistencia médica y logística durante las recientes inundaciones en el estado de Tabasco.